Jonathan Jonny Lee Miller (né le 15 novembre 1972) est un acteur anglais de cinéma, de télévision et de théâtre.
Il a obtenu un succès précoce pour son interprétation de Simon Williamson dans le film comique noir Trainspotting (1996), avant d'être reconnu par la critique pour ses performances dans Afterglow (1997), Mansfield Park (1999), The Flying Scotsman (2006) et Endgame (2009) ; pour The Flying Scotsman, il a été nominé par le London Film Critics Circle dans la catégorie Acteur de l'année.
Il a également fait partie de la distribution principale des films Melinda et Melinda (2004), Dark Shadows (2012) et Byzantium (2013).
Il a joué dans plusieurs productions théâtrales à Broadway, notamment After Miss Julie et Frankenstein, ce dernier lui ayant valu un prix Olivier du meilleur acteur.
Miller a tenu le rôle du personnage principal dans la comédie dramatique d'ABC Eli Stone, pour laquelle il a été nominé pour le prix Satellite du meilleur acteur.
Il a ensuite tenu un autre rôle principal dans la dramatique costumée de la BBC Emma et un second rôle dans le rôle de Jordan Chase dans la cinquième saison de la dramatique Dexter de Showtime.
Il tient actuellement le rôle de Sherlock Holmes dans le drame policier Elementary de CBS, qui lui a valu sa deuxième nomination aux Satellite Awards dans la catégorie "Meilleur acteur".